Археологические находки показывают присутствие людей в районе Дудинец с неолита; здесь обнаружены материалы каменного и бронзового веков, а также следы славянского поселения VIII-X веков. Старейшая сохранившаяся письменная фиксация названия относится к 1284 году, когда встречается форма Dyud; соседняя Merovce упоминается в 1327 году и позднее была присоединена к Дудинцам. Владельцами поселения становились разные дворянские роды, включая Koháry и Coburg, но долгое время вода использовалась лишь местными жителями. В XIX веке источники начали привлекать внимание, а в 1900 году граф Hugo von Oberndorf устроил открытый бассейн. После Первой мировой войны появились новые бассейны и простые помещения для купальщиков, а системное курортное развитие стартовало после 1948 года. В 1950-1960-х годах проводились гидрогеологические работы и строились первые современные лечебные дома; в 1966 году открылся spa-дом Rubín, позднее появились Krištáľ и Smaragd. Официальный статус курортного города Дудинце получили в 1983 году. Сегодня старые травертиновые источники и современные санатории существуют рядом, но природные объекты требуют бережного режима.