Поселение и замок Филяково впервые появляются в письменных источниках в первой половине XIII века. Крепость пережила татаро-монгольское нашествие 1241-1242 годов, а в 1423 году Филяково, тогда Oppidum Fylek, получило городские привилегии. В XV-XVI веках замок расширяли и укрепляли: его положение на вулканическом холме позволяло контролировать дороги между Верхней Венгрией и южными районами королевства. В 1554 году войска Османской империи взяли крепость, и почти сорок лет она была центром Филяковского санджака. Это был единственный османский административный центр такого уровня на территории современной Словакии. В 1593 году крепость вернули войска Габсбургов, после чего город снова стал торговым и административным узлом Новограда. В XVII столетии здесь развивались ремёсла, церковная жизнь и торговля, но военные конфликты продолжали влиять на население. В 1682 году замок заняли войска Имре Тёкёли и разрушили его; после этого крепость уже не восстановили как военный объект. В XVIII-XIX веках Филяково жило торговлей, земледелием и ремеслом, а в городе укрепились францисканская и католическая общины. В XX веке важную роль сыграла эмалевая фабрика, связавшая город с промышленной историей Чехословакии. После 1989 года часть замкового комплекса реставрировали, а в 2008 году здесь открылся музейный комплекс, который стал основой современной туристической идентичности Филяково.