Окрестности Крупины были заселены ещё в каменном и бронзовом веках: археологи находили каменные орудия, изделия из меди, керамику и погребения лужицкой культуры. Сам город формировался после прихода немецких колонистов в XIII веке; права свободного королевского города Крупина и Трнава получили в 1238 году, что сделало Крупину одним из старейших городов Словакии. Ранний центр сложился вокруг романской трёхнефной базилики Рождества Девы Марии и площади, где проходили рынки и ярмарки. Положение на дороге между горными центрами поддерживало торговлю, ремесло и добычу металлов. В XVI-XVII веках главной угрозой стали османские походы и войны за венгерское наследство. После нападений город усилил стены и башни; около 1564 года на холме Стражавар появилась Вартовка, откуда дозорные подавали сигналы о приближении турецких, имперских или повстанческих войск. Она утратила оборонную функцию в начале XVIII века и обветшала, но была восстановлена во второй половине XX столетия как смотровая площадка. На площади в XVIII веке горожане поставили колонну Святой Троицы, работы Д. И. Станети в память о чуме. Ратуша, сменившая средневековое здание, получила нынешний исторический облик после строительства 1901 года. Крупина стала родиной поэта Андрея Сладковича и писательницы Елены Мароти-Шолтесовой; здесь также работал учителем Йозеф Цигер-Гронский, а розовод Рудольф Гешвинд вывел известные сорта. После 1918 года город вошёл в Чехословакию, пережил административные реформы и послевоенную модернизацию. Современная Крупина сохраняет связь между литературой, городской обороной и вулканическим ландшафтом Хонта.