Территория Ступавы заселялась ещё в неолите, а положение на древней дороге через Загорье связывают с римским янтарным путём. Надёжное средневековое упоминание относится к 1271 году; более ранняя дата 1269 года встречается в местной традиции, но считается основанной на поддельном документе. Поселение развивалось между Моравой и Малыми Карпатами, обслуживая земледельческие земли, лесные промыслы и дороги к Братиславе. В части Маст сохранилось славянское погребальное поле VI-IX веков, показывающее более ранний этап истории до городской консолидации. С XVII века большое влияние на Ступаву оказывали Пальфи: они перестроили небольшую усадьбу в ренессансный замок, а в XVIII столетии создали барочный парк. Костёл Святого Стефана возник как ренессансное здание первой половины XVII века, затем был перестроен в 1764-1767 годах; его крипта датируется 1707 годом. В Масте раннебарочный костёл Святого Себастьяна построили в 1701 году и расширили в 1749-м, сохранив гербы патронов и алтарные детали. Кальвария сформировалась вокруг часовни Христа Страдающего 1709-1713 годов и трёх крестов. В XIX веке Ступава стала заметным овощеводческим центром: капусту и огурцы везли на рынки Прессбурга и Вены. Еврейская община оставила кладбище и память о деятелях культуры, включая Макса Райнхардта и Анджело Ноймана. После 1918 года город вошёл в Чехословакию, после 1945 года пережил индустриализацию и рост пригородной застройки. Современная Ступава сохраняет разнородное наследие и всё сильнее связана с рекреацией Малых Карпат.