Территория Свети-Юра привлекала людей задолго до средневекового города. Археологи нашли следы неолитического поселения около 3000 года до н. э., бронзовый меч примерно 1500 года до н. э., гальштатские материалы и великоморавское городище IX-X веков. Первое письменное свидетельство относится к 1209 году; в тот же период Свети-Юр стал рыночным поселением. Виноградарство, вероятно, существовало здесь уже тогда, а немецкие колонисты и покровительство графов Свети-Юра и Пезинка помогли поселению восстановиться после татарского нашествия 1241 года и походов чешского короля в XIII веке. В конце XIII века на холме появился замок Белый Камень, а город получил ограниченное самоуправление и винного мастера, следившего за участками. В XV-XVI веках пожары и войны, включая сожжение гуситами в 1434 году, не уничтожили винодельческую основу экономики. После смерти последнего мужского представителя рода в 1543 году город перешёл к королю и затем неоднократно закладывался влиятельным феодалам. В 1615 году Матьяш II подтвердил привилегии и обязанность поставлять вино ко двору. В XIX веке Свети-Юр утратил прежний статус и пережил кризис после появления филлоксеры в 1890 году; виноградники восстанавливали на американских подвоях. После Первой мировой войны город вошёл в Чехословакию, а в 1945 году был освобождён. В 1990 году историческое ядро получило статус городской памятниковой резервации. Современный Свети-Юр сохраняет винные террасы, храмы и следы средневековой обороны.