Раннее поселение существовало здесь уже до первых подробных городских привилегий; папская грамота 1235 года упоминает местный приходской костёл, а название Podolincz зафиксировано в 1256 году. В конце XIII века жители получили магдебургское право, право склада и возможность укрепить город стенами. В 1343 году Людовик I подтвердил права, а 7 апреля 1412 года Подолинец был поднят до статуса свободного королевского города. В 1412-1772 годах он находился в польском залоге, что поддерживало торговые связи через северный Спиш. В XV веке город защищался от гуситских нападений и развивал ремесленные цехи; среди ранних был цех сапожников. Пиаристы пришли в 1642 году и открыли коллеж, чьи здания и костёл св. Stanislava сформировали северный силуэт города. Пожары, эпидемии, наводнения и землетрясение неоднократно меняли застройку, но площадь, приходской костёл и укрепления сохранили историческую логику. В 1991 году Подолинец получил статус городской памятниковой резервации.