История Бойнице тесно связана с замком, первое письменное упоминание которого относится к 1113 году. Раннее укрепление было деревянным и продолжало традицию более древнего городища на травертиновом холме; в XIII веке его перестроили в камне. Замком владели разные знатные роды, а вокруг него развивалось поселение долины Нитры. В средние века крепость защищала дороги и хозяйственные владения Верхней Нитры. В XIX столетии последний аристократический владелец, граф Ян Палфи, начал масштабную перестройку. В 1889-1910 годах средневековое здание получило романтический неоготический облик с башнями, капеллой и деталями, вдохновлёнными замками Франции и Тироля. Палфи завещал открыть замок публике; после его смерти идея музейного использования постепенно воплотилась. С 1950 года в замке работает музей, входящий в систему Словацкого национального музея. Национальный зоопарк возник в 1955 году возле замка из небольшого живого уголка, а уже в первый год его посетили десятки тысяч человек. Термальные источники привлекали людей ещё до современной курортной инфраструктуры: письменный документ 1113 года упоминает Бойницкие термы. В XX веке город расширился за пределы ядра, включил Дубницу, Куты и Бойнице-купеле, а в 1966 году получил городской статус. После 1990 года замок, зоопарк и курорт стали основой современной туристической экономики. Сегодня Бойнице сохраняют средневековую историю, музейный маршрут, природоохранную работу зоопарка и лечебную традицию.