Точные обстоятельства основания Вельки-Медера неизвестны, однако поселение существовало уже в период переселения народов. Местная традиция связывает название Megere с военачальником князя Арпада, но эту этимологию следует воспринимать как легенду. Первая письменная запись относится к 1268 году, когда король Бела IV упомянул Villa Meger среди владений Комаромского замкового комитата. В 1421 году король Сигизмунд передал поселение Стефану и Яну Каножаи, а в 1460 году оно вновь вошло в комаромские владения. В 1466 году король Матьяш возвысил Вельки-Медер до местечка и предоставил право проводить три ежегодные ярмарки; позднее жители получили освобождение от пошлин. География Житного-Острова поддерживала земледелие, торговлю и связь между дунайскими поселениями, но равнинные дороги также делали город уязвимым для военных походов и наводнений. В XIX веке в городе появились позднеклассическая усадьба, обновлялись храм и общественные здания. В начале XX века работали типография и школы, а во время Первой мировой войны здесь находился лагерь сербских военнопленных, где погибли тысячи людей; их память сохраняет отдельное кладбище. После 1918 года город вошёл в Чехословакию, затем пережил смену государственных границ и названий. В 1948-1990 годах официально использовалось название Чалово, а с 1991 года вернулось Veľký Meder. В 1973 году началась история современного термального курорта: бурение вывело на поверхность горячую геотермальную воду. В XXI веке комплекс расширили крытыми бассейнами, саунами и водными аттракционами, а город стал развивать лесопарк, мемориальные и природные маршруты.