Карстовое плато вокруг Сежаны было заселено с доисторических времён, а близость к морским и внутренним дорогам делала район важным пограничным проходом. Современное поселение развивалось как торговая и дорожная остановка между Триестом и Крайной. Железнодорожная станция Сежаны открылась в 1857 году на линии Вена-Триест, после чего город стал заметнее в региональной торговле и пассажирском движении. В XIX веке семья Scaramanga создала возле Villa Mirasasso сад в стиле итальянского буржуазного парка, привезя растения из разных частей мира; позднее сад стал одним из характерных культурных объектов города. После Первой мировой войны Сежана оказалась в составе Италии, а после Второй мировой войны - в Югославии и затем независимой Словении. Литературная история связана с Srečko Kosovel, поэтом словенского исторического авангарда, чьё детство и творчество неразрывны с Карстом. Во второй половине XX века развивались дороги, торговля, культурные учреждения и туристическая инфраструктура вокруг Lipica и пещер. В 1960-е годы заброшенный сад Villa Mirasasso получил новое внимание и постепенно превратился в ботанический парк. Современная Сежана сохраняет роль железнодорожного и административного центра, а её городские памятники служат началом маршрутов к лошадям Lipica, пещерам и каменным деревням плато.