Поселение возникло у порогов реки Сидар; уже в 1841 году здесь построили плотину для лесопилки. В 1849 году Сидар-Рапидс получил городской чартер, а в 1850-х начал расти по обеим сторонам реки. Первые чешские переселенцы прибыли в 1852 году, позже их общины сформировали Czech Village и районы New Bohemia. Остров Мэя в русле реки был выбран в 1853 году как важная часть городской планировки. Промышленное развитие и переселенческие сообщества придали городу особый характер; в XX веке здесь жил художник Грант Вуд, чьи работы теперь хранит городской художественный музей. Brucemore, построенный как особняк в 1886 году, рассказывает об истории нескольких влиятельных семей. В июне 2008 года Сидар затопил значительную часть центра, Czech Village и NewBo. Вода разрушила старое здание городской библиотеки; новое открылось в 2013 году. Национальный чешский и словацкий музей и соседние кварталы также восстанавливались после наводнения. Поэтому современные культурные пространства у реки одновременно говорят об иммиграции, искусстве и памяти о стихийном бедствии.