Территория нынешнего Бохтара была частью населенного оазиса Вахшской долины. Государственный туристический портал связывает ранние века нашей эры с Кушанским царством, но датировка городского поселения не должна подменяться возрастом всего оазиса. Старое имя Курган-Тюбе указывает на местный холм Курган, вокруг которого складывались исторические представления о городе. В VII-VIII веках восточнее нынешнего Бохтара существовал буддийский монастырь Аджина-Тепе - важный, но отдельный памятник Вахшского района. В 1961 году археологи начали его раскопки и нашли скульптуры, живопись и огромную глиняную статую лежащего Будды. Теперь статуя находится в музее Душанбе. В XX веке развитие орошения преобразило хозяйство Вахшской долины; именно пятидесятилетию этого процесса посвятили создание областного музея «Авесто» в 1982 году. Его коллекции рассказывают о старых культурах, костюмах и ремеслах Хатлона. После образования Хатлонской области в 1992 году Курган-Тюбе стал областным административным центром. В 2018 году город получил официальное имя Бохтар. Сегодня здесь действуют музей, театр имени Ато Мухаммаджонова и общественные пространства, а рядом сохраняются археологические памятники, которые требуют самостоятельной поездки.