Худжанд возник на берегу Сырдарьи около двух с половиной тысяч лет назад и занимал положение между Ферганской долиной и центральноазиатскими торговыми дорогами. Укрепления на месте Худжандской крепости относятся к VI-V векам до нашей эры, о чем рассказывает городская археологическая экспозиция. Город проходил через завоевания Александра Македонского, арабов и монгольских войск, но продолжал оставаться местом ремесла и торговли. В средние века Худжанд связывали с учеными и поэтами; позже особенно почитали Камоли Худжанди. Мавзолей шейха Муслихиддина отражает долгую исламскую традицию городской общины. В XX веке город развивался как промышленный и культурный центр северного Таджикистана. В советское время он носил название Ленинабад, а после распада СССР вернул историческое имя. Историко-краеведческие собрания и археологические работы второй половины XX века пополнили музейные фонды. В 1986 году при праздновании 2500-летия открыли музей археологии и фортификации, основанный на находках раскопок 1954-1986 годов. С 2014 года реконструировали культурный парк Камоли Худжанди; крепость получила современный культурно-исторический комплекс. Сегодня музей внутри крепости, рынок и парк позволяют читать историю города по разным местам, не смешивая их в одну экспозицию.