Район нынешнего Канибадама заселяли задолго до современного города: археологические находки показывают поселения во втором тысячелетии до нашей эры, но это история территории, а не подтвержденная дата основания нынешнего города. Письменные документы впервые упоминают Канибадам в 1463 году. По иным свидетельствам поселение могло существовать уже в VIII-X веках, однако этот ранний период требует осторожной датировки. В XVI веке здесь построили медресе Мирраджаб-Додхо; в XVII веке появилось медресе Ойим. Эти здания сохранились и показывают значение города как местного центра обучения и религиозной жизни. Мавзолей Лангари-Бобо отражает другую традицию - почитание святынь Ферганской долины. Сельское хозяйство района опиралось на орошение и садовые культуры. В XX веке Большой Ферганский канал изменил водоснабжение южной окраины, а железнодорожная станция и автодороги усилили транспортную связь города. В 1937 году Канибадам получил городской статус в Согдийской области. В советский и последующий период здесь работали предприятия по переработке сельскохозяйственной продукции, хлопкоочистительные и прядильные производства. Сегодня древние медресе соседствуют с рынком, садовыми хозяйствами и рабочим городом; частные посадки остаются частью экономики, а не музейным ландшафтом.