До города здесь было поселение Бан-Талад-Кхван у Чаупхраи, известное садами и торговлей в эпоху Аюттхаи. В 1549 году король Маха Чаккрапхат повысил его до города Нонтхабури; тогда центр находился в нынешнем Бангкрасо. В 1636 году при короле Прасат-Тхонге прорыли спрямляющий канал: течение постепенно перешло в новый рукав, а прежняя петля реки обмелела. Изменение водного пути имело и оборонное значение. В 1665 году король Нарай приказал поставить укрепление у устья реки Ом и переместить туда городской центр. При Раме III часть старого форта разобрали ради строительства храма Чалём-Пхра-Киат; работы завершились уже при Раме IV. Нонтхабури получил статус провинции 9 мая 1946 года. У современного причала старое провинциальное здание стало музеем, а часовая башня появилась в 1957 году. Эти места показывают переход от речного административного города к густонаселённой части Большого Бангкока.