Нджеру вырос на противоположном от Джинджи берегу Виктории-Нила, где переправа и дорога связывали торговые районы Центральной и Восточной Уганды. В исследовании новой переправы JICA отмечено, что Нджеру до 1969 года относился к муниципальной администрации Джинджи, после чего развивался как отдельный городской совет. В 1960-1970-е годы дешёвая электроэнергия гидроузла Налубаале и доступная рабочая сила поддерживали промышленное развитие двух берегов; производственные зоны появились и в Нджеру. План городской структуры, утверждённый в 2009 году, уже различал жилые, торговые, промышленные и прибрежные участки. Старый мост с узкими полосами со временем перестал отвечать потребностям дороги Кампала-Джинджа. В октябре 2018 года завершили новый мост Source of the Nile Bridge, улучшив связь на Северном транспортном коридоре. Так история Нджеру прослеживается в смене переправы, городской администрации и производственной застройки.