Территория нынешнего Касесе долго была связана с общинами у Рувензори и хозяйством западноугандийского предгорья. В середине XX века регион изменили промышленность и охрана природы: коммерческая добыча меди в Килембе началась в 1950 году, а парк Казинга, созданный в 1952-м, через два года получил название Куин-Элизабет. Горные подходы и дороги к месторождениям усилили значение города Касесе как транспортного и торгового центра. В 1974 году отдельный округ Касесе выделили из Торо; сначала он назывался округом Рувензори. Медная добыча в Килембе прекратилась в 1982 году, оставив вопросы о будущем промышленной площадки. В 1991 году охраняемая горная территория получила статус национального парка Рувензори. С тех пор город служит базой для горных, сафари- и соляных маршрутов, но исторические этапы Килембе, Катве и парков относятся к разным местам округа, а не к одному городскому кварталу.