Мацуяма развивалась вокруг горячих источников Дого, которыми пользовались ещё в древности; курорт упоминается в ранних японских хрониках и поэтических сборниках. В 1602 году Като Ёсиаки начал строительство нынешнего замка на холме Кацусэяма; в 1635 году владение перешло Мацудайра Садаюки. Город стал столицей владения и узлом морских путей к Хонсю. После реставрации Мэйдзи замковые земли частично разобрали, но башня и ворота сохранились благодаря ранней охране наследия. Литературный бум конца XIX века, особенно повесть «Боттян», закрепил образ Дого и Мацуямы в национальной культуре. В XX веке трамвай, порт и аэропорт связали город с материком, а источники пережили реконструкции и изменения правил купания. Во время войны часть городской застройки пострадала, после чего центр восстановили вокруг торговых аркад и замкового парка. Сегодня Мацуяма остаётся крупнейшим городом Сикоку с живым курортом, паломническими маршрутами, паромным сообщением и цитрусовым сельским поясом. Соседство моря и гор делает город удобной базой для знакомства с Эхиме и островами Сэтонайкай.