Люди жили на юге Хоккайдо задолго до появления современного города, а в регионе развивалась айнская культура и шли контакты с Хонсю. В поздний период Эдо сёгунат усилил управление севером и перенёс магистратуру к будущему Гориокаку. После договора с США в 1854 году Хакодате стал одним из первых японских портов, открытых для внешней торговли; в 1859 году началась торговля с западными странами, и у подножия горы выросли иностранные кварталы. Пятиконечный Гориокаку завершили в 1864 году как оборонный и административный комплекс, а в 1868-1869 годах крепость стала центром войны между сторонниками бывшего сёгуната и правительством Мэйдзи. После поражения республики Эдзо город превратился в опорный порт освоения Хоккайдо. Парк Хакодате открылся в 1879 году, водопровод и железная дорога закрепили новую городскую инфраструктуру, а Мотомати сохранила смесь храмов, консульств и торговых домов. Паромная связь с Аомори долго соединяла остров с Хонсю, затем её роль дополнили тоннель Сэйкан и синкансэн до Shin-Hakodate-Hokuto. В XX веке порт, рыбная промышленность и Юнокава поддержали рост, а исторические здания и вид с горы стали самостоятельными туристическими ресурсами. Сегодня Хакодате читается как последовательность слоёв: айнское и северное пограничье, открытый порт, военная крепость, железнодорожный город и современный гастрономический центр.