Район Хиго был важным центром Кюсю задолго до появления современного города. В конце XVI века Като Киёмаса расширил укрепление на плато Тяусуяма, а в 1607 году завершил большой замок Кумамото с высокими каменными стенами и сложной обороной. После падения сёгуната замок оказался в центре Сацумского восстания 1877 года, когда правительственные войска удерживали крепость против сил Сайго Такамори. Пожары и последующая модернизация изменили замковую территорию, но символический статус сохранился. Род Хосокава развивал культуру, литературу и садовую традицию, связанную с Суйдзэндзи. Во время Второй мировой войны город пережил разрушения, а послевоенная застройка закрыла часть старого замкового ландшафта. Землетрясения 2016 года повредили башни, стены и культурные объекты; с тех пор ведётся поэтапная реставрация. Сегодня туризм соединяет историческую память, восстановление и вулканическую природу префектуры. Кумамото остаётся административным и транспортным центром, где старые символы не отделены от современной городской жизни.