Исахая выросла на перекрёстке дорог между Нагасаки, Симабарой, Омурой и внутренними районами Кюсю. В средневековье местные владения контролировали речные переходы и сельскохозяйственные земли, а позднее торговые пути связали равнину с портом Нагасаки. В 1839 году через Хоммё построили каменный мост Меганэ, чтобы сделать важный переход долговечнее; его двойная арка стала символом местной общины. С XIX века осушение мелководных заливов расширяло пашни, но одновременно усиливало зависимость от дамб, каналов и водного контроля. После наводнения 1957 года мост перенесли в парк Исахая и включили в новую городскую память. Послевоенное развитие укрепило транспортные связи, промышленность и крупные дорожные связи, а сельские низменности продолжили кормить регион. Современный спор о заливе напоминает, что инженерная история Исахаи не закончилась с созданием полей. Посетитель видит здесь не набор руин, а меняющийся договор между рекой, городом и морем.