Малакаль сформировался как речной торговый и административный пункт на Белом Ниле, связывавший Верхний Нил с северными маршрутами и внутренними общинами. В колониальный период здесь укреплялась административная сеть, а после независимости Судана город стал административным центром Верхнего Нила. Гражданские войны и борьба за контроль над нефтяными и речными районами неоднократно нарушали торговлю. После независимости Южного Судана в 2011 году напряжённость резко усилилась в 2013-2014 годах: Малакаль переходил из рук в руки, жители бежали, а многие дома и общественные здания были разрушены. В 2013 году рядом появился объект защиты гражданских при миссии ООН, куда направлялись люди, спасавшиеся от насилия; позднее начался сложный процесс перехода и восстановления. Наводнения Белого Нила и сезонные дожди добавили нагрузку на дороги, воду и санитарные системы. Международные агентства поддерживали рынок, предпринимателей, здравоохранение и возвращение перемещённых семей, но безопасность оставалась хрупкой. Аэродром и речной транспорт обеспечивают связь, когда наземные дороги непроходимы или закрыты. Сегодня Малакаль - живой административный центр с сильной памятью о торговом прошлом, но планировать его как экскурсионный город нельзя. Историю здесь изучают через согласованные встречи, официальные отчёты и уважительное наблюдение, а не через свободное посещение лагерей, разрушенных кварталов или военных объектов.