Колумбия появилась после неудачной попытки поселения Smithton: там не хватало воды, и в 1821 году около двадцати жителей переместились к нынешнему пересечению Broadway и Fifth Street. В том же году новое поселение стало административным центром округа Бун, а в 1826 году получило статус инкорпорированного города. Booneslick Trail привела сюда путешественников и торговлю; Broadway стала важной осью раннего центра. В 1833 году открылась женская академия, позднее Stephens College. University of Missouri учредили в Колумбии в 1839 году благодаря местным жителям и финансированию, закрепив учебный профиль города. После пожара университетского Academic Hall в 1892 году жители собирали средства на восстановление и водоснабжение для противопожарной защиты. В 1901 году железная дорога Missouri-Kansas-Texas проложила ветку к университетскому городу; пассажирское и грузовое движение закончилось в XX веке. Позднее бывший путь превратили в MKT Trail, соединённую с Katy Trail. Историю региона сохраняет Boone County History & Culture Center. Современный The District и North Village отражают культурный и торговый этап роста города.